1不可逆退磁問題
如果設計和使用不當，永磁同步電機（如釹鐵硼永磁體）在溫度過高時，或在沖擊電流產生的反應作用下，或在劇烈的機械振動時，有可能產生不可逆退磁，或者叫失磁，使電動機的性能降低，甚至無法使用。如何提高永磁體的熱穩定性，一直是重要的研究課題。
2成本較高
相對三相異步電動機，永磁電機的成本較高，目前需要用它的高性能和運行節能來彌補其成本上的不足。如果永磁同步電機的成本能夠降低，將大大推進其推廣和應用。
3 大規模生產問題
永磁同步電機的永磁材料具有很強的磁場強度，在永磁體裝入轉子以及電機整體裝配時，比異步電動機的工藝難度大很多，很費工時。尤其是功率較大的永磁同步電機的安裝，如果沒有相應的專業工藝裝備，裝配難度很大，很難實現自動化生產線，即使實現了自動化生產線，成本也非常高。
4 控制問題
永磁同步電機制成后不需要外部能量即可維持其磁場，但也造成外部控制難度加大，永磁同步電機的應用范圍受到了限制。隨著電力電子技術和控制技術的發展，大多數永磁同步電機在應用中，可以不必進行磁場控制而只需進行電樞控制。這就需要設計時把永磁同步電機、電力電子器件和控制三項技術結合起來。
5起動問題
對于異步起動的永磁同步電機，仍然存在起動電流大，起動轉矩抖動問題。異步起動的永磁電機如設計不好，起動電流可以達到額定電流的十倍左右。如果功率較大時，對起動設備沖擊較大，起動轉矩抖動對負載不利。
